二代头孢和三代头孢的区别主要体现在以下几个方面：
1.抗菌谱：二代头孢对革兰氏阳性菌的抗菌作用与一代头孢相似或略差，但对革兰氏阴性菌有一定的抗菌作用，如二代头孢中的头孢呋辛对流感嗜血杆菌、大肠埃希菌、奇异变形杆菌等有较强的抗菌活性；三代头孢对革兰氏阳性菌的抗菌作用较弱，对革兰氏阴性菌的抗菌作用较强，如三代头孢中的头孢噻肟对流感嗜血杆菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌等有较强的抗菌活性。
2.肾毒性：二代头孢的肾毒性比一代头孢略低，如头孢呋辛的肾毒性比头孢氨苄低；三代头孢的肾毒性比二代头孢更低，如头孢他啶的肾毒性比头孢噻肟低。
3.半衰期：二代头孢的半衰期比一代头孢略长，如头孢呋辛的半衰期为1.2小时；三代头孢的半衰期比二代头孢更长，如头孢他啶的半衰期为2.0小时。
4.临床应用：二代头孢主要用于治疗敏感菌所致的呼吸道、泌尿道、皮肤软组织等部位的感染，如二代头孢中的头孢呋辛酯可用于治疗急性咽炎、急性扁桃体炎、急性支气管炎等；三代头孢主要用于治疗敏感菌所致的严重感染，如三代头孢中的头孢噻肟可用于治疗败血症、脑膜炎、肺炎等。
需要注意的是，头孢菌素类药物属于处方药，需要在医生的指导下使用，避免滥用。同时，使用头孢菌素类药物期间应避免饮酒，以免发生双硫仑样反应。