强直性脊柱炎是一种慢性炎症性疾病，其病因目前尚未完全明确，但与遗传、感染和免疫等因素密切相关。研究表明，遗传因素在其中起到重要作用，约90%的患者与人类白细胞抗原B27（HLA-B27）基因相关，HLA-B27阳性者患强直性脊柱炎的风险比阴性者高10~20倍。
遗传因素：HLA - B27基因主导
遗传倾向明显： 强直性脊柱炎具有较强的家族遗传聚集性，如果家族中有亲属患有该病，那么其他成员患病的概率会显著增加。大量流行病学调查发现，有强直性脊柱炎患者的家族中，HLA - B27基因阳性率明显高于普通人群。基因作用机制： HLA - B27基因编码的抗原可能会引发自身免疫反应，使得身体的免疫系统错误地攻击关节组织，尤其是脊柱和骶髂关节等部位，从而导致炎症的发生，逐渐破坏关节结构，引发强直性脊柱炎的一系列症状。
感染因素：某些病原体参与
肠道感染关联： 一些肠道病原体可能与强直性脊柱炎的发病有关。比如肺炎克雷伯菌等细菌，它们的某些成分与人体关节组织的成分有相似之处，当人体感染这类细菌后，免疫系统在攻击细菌的同时，也可能会对关节组织产生交叉免疫反应，进而诱发强直性脊柱炎。有研究发现，强直性脊柱炎患者肠道中肺炎克雷伯菌的携带率明显高于健康人群。泌尿生殖道感染影响： 泌尿生殖道的某些病原体感染也可能与该病相关。沙眼衣原体等病原体感染后，可能会激活免疫系统的异常反应，导致免疫系统对关节组织进行攻击，增加患强直性脊柱炎的风险。
免疫因素：自身免疫失衡
免疫系统紊乱： 强直性脊柱炎患者的免疫系统处于失衡状态，免疫系统中的T细胞等免疫细胞功能出现异常。正常情况下，T细胞能够识别和清除外来病原体，但在强直性脊柱炎患者体内，T细胞会错误地将自身关节组织当作外来异物进行攻击，持续释放炎症因子，如肿瘤坏死因子等，这些炎症因子会导致关节部位出现炎症反应，引起疼痛、肿胀、僵硬等症状，长期的炎症反应还会导致关节粘连、强直等病变。免疫调节异常： 体内的一些免疫调节机制出现障碍，例如调节性T细胞的数量减少或功能异常，无法有效地抑制过度活跃的免疫反应，使得炎症反应持续加剧，进一步促进了强直性脊柱炎的发展。