牙腔肉肿通常是由多种因素引起的，其中最常见的原因之一是 dental plaque（牙菌斑）长期堆积。牙菌斑是一种细菌性生物膜，若不及时清除，其中的细菌会产生有害物质，刺激牙龈组织，逐渐引发牙龈炎症，进而可能导致牙腔肉肿。一般来说，口腔卫生不良是导致牙腔肉肿的重要因素之一。
局部刺激因素导致
牙结石刺激： 牙结石是沉积在牙齿表面已钙化的菌斑及软垢，它会持续刺激牙龈组织，引起牙龈的炎症反应，时间久了就容易诱发牙腔肉肿。牙结石通常是在口腔卫生较差的情况下，经过数周甚至数月逐渐形成的。不良修复体影响： 不合适的假牙、牙套等修复体，边缘不贴合，会不断摩擦牙龈组织，长期的机械刺激会使牙龈处于炎症状态，增加牙腔肉肿的发生风险。比如有些患者佩戴的假牙边缘过于锐利，就会反复刺激牙龈。
全身因素相关
内分泌紊乱： 女性在生理期、妊娠期时，体内激素水平发生变化，会影响牙龈组织对局部刺激的反应性，使牙龈容易充血、肿胀，增加牙腔肉肿的可能性。例如妊娠期女性，由于孕激素水平升高，牙龈对菌斑等刺激的敏感性增强，更容易出现牙腔肉肿的情况。系统性疾病影响： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，口腔内的细菌更容易滋生繁殖，牙龈炎症也更难控制，从而容易引发牙腔肉肿。研究表明，糖尿病患者发生牙周感染包括牙腔肉肿的概率比非糖尿病患者要高。
细菌感染因素
特定细菌感染： 一些厌氧菌等细菌的感染是导致牙腔肉肿的关键。例如牙龈卟啉单胞菌等细菌在牙龈组织内大量繁殖，会引发强烈的炎症反应，使得牙龈出现肿胀、疼痛等牙腔肉肿的表现。这些细菌在口腔环境中，如果口腔卫生维护不好，就会大量滋生。细菌毒性产物作用： 细菌在代谢过程中会产生各种毒性产物，这些产物会进一步加重牙龈组织的炎症，导致牙龈组织充血、水肿，形成牙腔肉肿。比如细菌产生的一些酶类物质会破坏牙龈组织的结构和功能。