怀孕三个月腰疼可能由生理原因以及病理原因引起，如缺钙、腰椎疾病等。
一、生理原因：
1.怀孕三个月时，子宫逐渐增大，会导致身体重心前移，孕妇为保持重心平衡，容易出现腰部疼痛。
2.怀孕后往往活动较少，久坐也可能引发腰疼。
二、缺钙：
怀孕三个月时，胎儿发育使得对钙的需求量增加，如果没有及时补钙，就可能导致腰疼现象。所以在孕期及时补充钙质是非常重要的。
三、腰椎疾病：
少数孕妇在孕前可能本身就有椎间盘突出或椎间盘膨出等情况，平时临床症状可能不明显，但怀孕后随着体重增加，会使原有疾病进一步加重，从而可能导致怀孕三个月时出现腰疼。
当怀孕三个月出现腰疼时需要加以重视，建议适当补钙并适度活动，观察腰疼是否好转。如果持续不缓解，就需要及时到当地医院妇产科就诊，查找原因，并针对性地制定治疗方案，以避免因腰疼对胎儿及孕妇的身体状况产生不良影响。