怀孕三个月腰疼的原因包括生理原因以及病理原因，如缺钙、腰椎疾病等。
一、生理原因：
1.在怀孕三个月时，子宫逐渐增大，会使身体重心前移，此时孕妇为保持重心平衡，就可能出现腰部疼痛现象。
2.怀孕后孕妇通常运动量减少，久坐的情况可能较多，这也容易引发腰疼。
二、缺钙：
怀孕三个月时，胎儿的发育对钙的需求量增加，如果没有及时补充钙质，就会导致腰疼的发生。所以在孕期及时补钙是非常重要的事情。
三、腰椎疾病：
少数孕妇在孕前可能就有椎间盘突出或椎间盘膨出等情况，平时临床症状可能并不明显，但随着怀孕后体重的增加，会使原有疾病进一步加重，从而可能导致在怀孕三个月时出现腰疼。
怀孕三个月腰疼需要予以重视，建议适当补充钙质，适度进行活动，观察腰疼是否有所好转。如果腰疼持续不缓解，就需要及时到当地医院妇产科就诊，查找出原因，有针对性地制定治疗方案，避免因腰疼而对胎儿及孕妇的身体状况产生不良影响。