药流第三天肚子疼通常是正常现象。服药后会引发子宫收缩，进而可能导致下腹部阵发性疼痛，同时伴有阴道流血，只有这样孕囊才会排出。
一、药流第三天肚子疼是正常情况，在孕囊排出后，腹痛一般会自行消失。因为药物会促使子宫收缩，以促使子宫内残留物排出体外，而子宫收缩就会引起小腹部疼痛，这属于药物正常作用导致。此时建议患者可喝些红糖水，或用热水袋热敷小腹来缓解。
二、如果在药物流产前未进行检查就盲目口服流产药，可能会出现腹痛特别严重的情况，这时就需要及时就医检查，排除宫外孕等状况，并给予对症治疗。但若是正常的宫内怀孕，那就可以等待孕囊自然排出。
总之，药流第三天肚子疼在多数情况下是正常表现，但要注意前提是经过检查后进行的正规药流。若有任何异常，都应及时就医处理。如有医疗需求，务必到正规医疗机构就诊，谨遵医嘱，科学治疗以免延误病情。