药流第三天肚子疼通常是正常现象。服药后会引发子宫收缩，可能导致下腹部阵发性疼痛，同时伴有阴道流血，这样才有孕囊排出。
一、药流第三天肚子疼是正常情况，待孕囊排出后，腹痛通常会自行消失。这是因为药物促使子宫收缩，以将子宫内的残留物排出体外，而子宫收缩就会引发小腹部疼痛，这是药物正常作用所致。对此，建议患者可喝些红糖水，或用热水袋热敷小腹来缓解。
二、若在药物流产前未进行检查就盲目口服流产药，可能会出现腹痛特别严重的情况，这时就需要及时就医检查，排除宫外孕等状况，并给予对症治疗。但如果是正常的宫内怀孕，那就可以等待孕囊自然排出。
总之，若有医疗需求，务必到正规医疗机构就诊，严格遵循医嘱，科学治疗以避免延误病情。