药流完第三天肚子疼可能是正常的宫缩痛，也可能是药流不全、宫腔感染等原因引起的，具体如下：
1.宫缩痛：药流后子宫需要收缩以排出孕囊和蜕膜组织，这个过程中可能会引起宫缩痛，通常表现为阵发性的下腹部疼痛，持续时间较短，出血量一般不超过月经量。这种疼痛通常会在药流后1-2周逐渐缓解，如果疼痛不剧烈，可以先观察。
2.药流不全：如果药流后孕囊或蜕膜组织残留，可能会导致宫腔内感染，引起持续性的腹痛、阴道出血等症状。此时需要及时就医，进行B超检查，如果确诊药流不全，需要进行清宫手术。
3.宫腔感染：药流后如果不注意个人卫生，或者过早同房，可能会导致宫腔感染，引起腹痛、发热等症状。此时需要及时就医，进行抗感染治疗，常用的药物有头孢菌素、甲硝唑等。
4.其他：药流后第三天肚子疼还可能与其他因素有关，如子宫穿孔、肠梗阻等。
需要注意的是，药流后肚子疼的原因可能因人而异，如果疼痛持续不缓解或伴有其他不适症状，如发热、阴道出血量多等，应及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，药流后要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持会阴部清洁卫生，一个月内禁止同房和盆浴。