怀孕三个月时的流产方式主要有以下几种：
一、药物流产加清宫手术：可遵医嘱服用米非司酮或米索前列醇等药物，米非司酮能将胚胎杀死，米索前列醇可促进子宫收缩，从而使胚胎和胎盘慢慢排出，之后需及时进行清宫手术，将残留物质清除干净，以此实现流产。
二、引产：因怀孕三个月后胎儿已逐渐发育长大且有明显骨骼，此时可采用引产方式流产，相对较为彻底。引产方法主要包括：
1.药物引产，如利凡诺引产；
2.钳刮术。
此外，流产后需注意：一个月内要多休息，可适当活动，但不可剧烈运动，不能有性生活，不可劳累、熬夜等。在饮食方面要保持清淡，避免进食辛辣刺激食物，以免影响病情恢复。
总结概况提示：怀孕三个月流产有药物流产加清宫手术和引产等方式，流产后要做好各方面护理。