怀孕50天出现褐色分泌物可能是以下原因导致的：
1.先兆流产：怀孕初期，胚胎着床不稳定，过度劳累、性生活、剧烈运动等可能导致先兆流产，出现阴道少量出血，血液在阴道内停留时间较长，可表现为褐色分泌物。此外，还可能伴有腹痛、腹胀等症状。如果出血量较多，类似月经量，可能会发展为难免流产。需要及时就医，进行B超检查、孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测等，以明确诊断。如果是先兆流产，需要卧床休息，遵医嘱使用黄体酮、地屈孕酮等保胎药物治疗。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外的部位着床，称为异位妊娠，以输卵管妊娠最为常见。异位妊娠时，胚胎发育不良，随着孕囊的生长，可导致输卵管破裂，引起阴道出血。出血量一般较少，呈暗红色或褐色，可伴有下腹疼痛。需要及时就医，进行B超检查、血hCG检测等，以明确诊断。一旦确诊异位妊娠，需要及时治疗，可选择手术治疗或药物治疗。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生，形成的赘生物，质软，血管丰富，同房或妇科检查时容易导致息肉破裂，引起出血。出血量一般较少，可表现为褐色分泌物。有时还可能伴有白带增多、腰骶部疼痛等症状。需要就医，进行妇科检查，以明确诊断。如果确诊为宫颈息肉，需要在医生的指导下进行息肉摘除术，并送病理检查。
4.其他：葡萄胎、胎停育等也可能导致怀孕50天出现褐色分泌物。
总之，怀孕50天出现褐色分泌物需要引起重视，及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意休息，避免劳累和性生活，保持心情愉快。如果褐色分泌物持续不消失或伴有其他不适症状，应及时复诊。