大便后肛门疼痛通常与痔疮、肛裂、肛周脓肿等肛肠疾病有紧密联系，需尽快前往肛肠科进行肛门指诊、电子肠镜等相关检查，明确病情后，依据医嘱采用药物或手术进行医治。
一、痔疮：
痔疮多由便秘、妊娠以及排便时间过长等引发。主要表现为大便时肛门疼痛，可肉眼看到痔核，还会有肛周瘙痒甚至大便带血现象。患者应口服迈之灵以促进痔静脉回流，外用痔疮膏、痔疮栓等药物来治疗。必要时，可行手术切除痔疮，或者运用激光、冷冻等方式施治。
二、肛裂：
主要因大便干燥、排便时过度用力导致肛门撕裂。主要症状是大便时肛门疼痛，疼痛性质通常较为剧烈，还可能伴有大便带血情况。治疗上可外用红霉素软膏进行抗感染，此外，还应积极进行手术切除创面并予以缝合。
三、肛周脓肿：
主要由于肛门处皮肤破损后感染引起，表现为肛周处红肿疼痛，且在大便时疼痛更为显著。治疗需进行手术切开引流，并配合使用青霉素、头孢等抗感染药物。
总之，当出现大便后肛门疼痛时，要及时就医明确具体病因，并根据不同病因采取针对性的治疗措施，以改善症状，促进康复。