威灵仙可能存在一些副作用，比如对胃肠道的刺激，部分人服用后可能出现恶心、呕吐、腹痛等症状。一般来说，口服威灵仙后约有1/3的人会出现胃部不适反应。
对胃肠道的影响
轻度刺激： 部分人服用威灵仙后会感觉胃部有不适感，可能表现为轻微的隐痛或者胀满感，通常症状较轻，不影响继续用药，但如果症状持续加重就需要注意。较重反应： 少数人服用后可能出现比较明显的恶心、呕吐情况，严重时可能会影响进食，这是因为威灵仙中的某些成分对胃肠道黏膜有一定的刺激作用。
过敏反应方面
皮肤表现： 个别人可能会出现皮肤过敏症状，如皮肤瘙痒、出现皮疹等。皮疹可以是红斑样，也可能是风团样，瘙痒程度因人而异，有的较轻，有的可能比较剧烈，影响生活质量。全身反应： 严重的过敏反应可能会出现呼吸困难等情况，不过这种情况相对较少见，但一旦发生需立即就医处理，因为呼吸困难可能会危及生命。
对肝肾的潜在影响
对肝脏的影响： 长期或大量服用威灵仙可能会对肝脏有一定影响，不过一般短期小剂量服用时这种影响不明显。有研究显示，连续大剂量服用威灵仙一段时间后，可能会观察到肝功能指标有轻微异常，但通常在停药后可恢复。对肾脏的影响： 同样，长期大量服用威灵仙也可能对肾脏产生一定负担，可能会影响肾脏的正常代谢功能，但一般按照常规剂量和疗程使用时，这种影响发生的概率较低。不过对于本身有肝肾疾病的患者，使用威灵仙时需要更加谨慎，要密切监测肝肾指标。