脑干损伤后可能出现多种严重结果。据临床统计，脑干损伤患者的死亡率较高，约有30% - 50%的患者会面临生命危险。
意识状态改变方面
昏迷程度深： 脑干损伤会严重影响脑干网状结构的上行激活系统，患者往往会陷入深度昏迷状态，且昏迷时间可能较长，有的甚至持续数周、数月。例如，一些脑干损伤严重的患者，昏迷时间可长达数月之久，难以苏醒。意识障碍恢复困难： 即使经过治疗，部分患者意识障碍的恢复也比较艰难，可能会长期处于植物生存状态或者遗留不同程度的意识模糊等情况，严重影响患者的生活自理和认知功能。
生命体征紊乱方面
呼吸功能异常： 脑干中有呼吸中枢相关结构，脑干损伤易导致呼吸节律紊乱，可能出现呼吸浅快、呼吸暂停或者呼吸深慢等异常呼吸表现。比如，有的患者会出现潮式呼吸，即呼吸由浅慢逐渐变为深快，然后再由深快转为浅慢，随之出现一段呼吸暂停后，又重复上述周期。心血管功能失调： 脑干损伤还会影响心血管中枢，导致血压波动明显，可能出现血压急剧升高或降低的情况。同时，心率也会受到影响，出现心率过快、过慢或者心律不齐等现象，严重威胁患者的循环系统稳定。
神经功能缺损方面
眼球运动障碍： 脑干内有控制眼球运动的神经核团等结构，脑干损伤后常出现眼球运动障碍，如眼球固定、眼球震颤等情况。患者可能无法正常转动眼球，注视物体困难。肢体运动障碍： 脑干与肢体运动的传导通路密切相关，脑干损伤可引起肢体运动功能障碍，表现为肢体肌力下降、肌张力异常等。严重者可能出现四肢瘫痪，无法进行自主的肢体活动，影响患者的肢体运动能力和日常生活。