脑干损伤后果较为严重，约有30% - 50%的脑干损伤患者会死亡。
意识障碍方面的后果
昏迷时间长： 脑干损伤后常导致长期昏迷，有的患者昏迷时间可长达数周、数月甚至更久。这是因为脑干中存在维持意识清醒的重要结构，损伤后会严重影响意识的维持和觉醒状态。意识状态多变： 患者的意识状态可能呈现出波动性，比如有时可能短暂出现意识模糊的好转迹象，但很快又会陷入更深的昏迷状态。这是由于脑干损伤后神经功能恢复或恶化的不确定性导致的。
运动功能方面的后果
肢体瘫痪： 脑干损伤可能引起肢体瘫痪，常见的是四肢瘫痪，表现为身体双侧的肌肉力量明显下降，无法正常进行肢体的运动，如不能自主抬起肢体、无法行走等。这是因为脑干内的运动传导通路受损，影响了神经信号向肢体肌肉的传递。肌张力异常： 患者可能出现肌张力增高的情况，肢体变得僵硬，活动困难；也可能出现肌张力降低，肢体松软无力。例如，肌肉处于过度紧张状态，难以完成正常的关节活动。
呼吸循环功能方面的后果
呼吸功能紊乱： 脑干中有调节呼吸的中枢结构，损伤后易导致呼吸功能紊乱。可能出现呼吸频率异常，如呼吸过快或过慢；呼吸节律不规则，像出现潮式呼吸、抽泣样呼吸等异常呼吸节律。这会严重影响机体的气体交换，危及生命。循环功能影响： 脑干损伤还会影响心血管运动中枢，导致循环功能异常，可能出现血压波动，如血压过高或过低；心率也会受到影响，出现心率失常等情况，进而影响全身各器官的血液供应。
颅神经功能方面的后果
眼球运动障碍： 脑干损伤可能引起眼球运动障碍，比如眼球不能正常转动，出现复视等情况。因为脑干内有支配眼球运动的颅神经核团及相关传导束，损伤后会影响眼球的正常运动。吞咽和语言功能障碍： 患者可能出现吞咽困难，无法正常吞咽食物和口水，容易导致呛咳；语言功能也可能受到影响，出现言语不清、失语等情况，这是由于支配吞咽和语言相关颅神经受损所致。