肌肉萎缩的原因有多种。其中神经源性因素较为常见，比如运动神经元病，这是一种慢性进行性神经变性疾病，会导致脊髓前角细胞和脑干运动神经核受损，进而引起肌肉逐渐萎缩，通常病情会持续进展。另外，周围神经病变也可能引发肌肉萎缩，像 Guillain - Barré 综合征（吉兰 - 巴雷综合征），在发病后数周可能出现四肢对称性弛缓性瘫痪，若未及时治疗，就可能导致肌肉萎缩。
废用性肌肉萎缩
长期不活动导致： 比如骨折后需要长时间固定，患肢不能正常活动，肌肉就会因为缺乏运动刺激而逐渐萎缩。像骨折固定超过 2 - 3 周，肌肉的体积和力量就会明显下降。还有一些疾病导致患者长期卧床，例如严重的脑卒中患者，卧床时间较长时，肢体肌肉会发生废用性萎缩。营养性肌肉萎缩：蛋白质 - 能量不足： 长期营养不良，尤其是蛋白质摄入不足时，会影响肌肉的正常代谢和修复。比如一些患有慢性消耗性疾病的患者，像恶性肿瘤晚期患者，由于机体消耗过大，蛋白质等营养物质摄入不足，就容易出现肌肉萎缩。维生素缺乏： 维生素 E 缺乏可能影响肌肉的正常功能，导致肌肉萎缩。维生素 E 缺乏症患者，除了肌肉萎缩外，还可能出现四肢无力等症状。
肌源性肌肉萎缩
遗传性肌肉疾病： 如杜氏肌营养不良症，这是一种 X 连锁隐性遗传的肌肉疾病，多见于男孩，通常在 3 - 5 岁发病，患者会逐渐出现进行性的肌肉萎缩和无力，随着病情进展，会严重影响运动功能。炎症性肌病： 像多发性肌炎，是一种自身免疫性疾病，主要表现为骨骼肌的非化脓性炎症，导致肌肉无力和萎缩。患者可能会出现四肢近端肌肉无力，逐渐累及远端肌肉，影响日常的行走、穿衣等活动。