非淋菌性尿道炎通常由沙眼衣原体、解脲支原体等病原体感染引起，治疗药物主要有四环素类、大环内酯类等。一般来说，常用的药物有阿奇霉素、多西环素等。
常用药物类型
四环素类药物：
多西环素： 属于四环素类抗生素，对沙眼衣原体、解脲支原体等病原体有抑制作用。一般疗程需要7-10天左右。但8岁以下儿童、孕妇及哺乳期妇女通常不宜使用多西环素，因为可能影响牙齿发育等问题。米诺环素： 也是四环素类药物，对于非淋菌性尿道炎也有一定疗效。不过同样要注意8岁以下儿童禁用，孕妇和哺乳期妇女使用需谨慎，需在医生评估后使用。
大环内酯类药物：
阿奇霉素： 是常用的大环内酯类药物，一般采用单次较大剂量服用的方式，比如1g单次口服，但要注意部分患者可能出现胃肠道不适，如恶心、呕吐等症状。孕妇使用阿奇霉素需谨慎，一般在确有必要时才会使用。克拉霉素： 同样属于大环内酯类，对引起非淋菌性尿道炎的病原体有作用。使用时要注意观察患者的不良反应，像头痛、腹泻等情况，而且孕妇和哺乳期妇女使用也需要在医生指导下权衡利弊。
用药注意事项
在用药前，患者需要进行相关检查，明确病原体类型，以便选择更针对性的药物。同时，在用药过程中要严格遵医嘱，按时按量服用药物。比如服用多西环素时，要整粒吞服，并且最好用足量水送服，避免药物滞留食管引起刺激。而且在治疗期间，性伴侣也需要同时接受检查和治疗，避免交叉感染。另外，用药后要注意观察自身症状是否缓解，如果症状持续不缓解或者出现严重的不良反应，如服用阿奇霉素后出现严重的过敏反应（皮疹、呼吸困难等），应立即停药并就医。
特殊人群用药情况
对于孕妇患者，由于很多药物可能会对胎儿产生影响，所以需要格外谨慎选择药物。一般会尽量选择对胎儿影响较小的药物，如某些情况下可能会根据具体情况权衡使用阿奇霉素等相对相对安全一些的药物，但必须由医生综合评估病情后决定。对于儿童患者，非淋菌性尿道炎相对较少见，但如果发生，用药需要更加谨慎，通常会选择对儿童影响较小的药物，并且严格按照儿童的体重等情况来计算用药剂量，避免使用可能影响儿童生长发育的药物。