非淋菌性尿道炎通常由沙眼衣原体、解脲脲原体等病原体感染引起，治疗药物常用的有四环素类、大环内酯类等。一般来说，遵医嘱规范用药可取得较好疗效。
常用药物类型
四环素类药物：
多西环素： 对衣原体、支原体等病原体有抑制作用。成人一般可以使用，但8岁以下儿童通常不建议使用，因为可能影响牙齿和骨骼发育。米诺环素： 也可用于非淋菌性尿道炎的治疗，同样要注意8岁以下儿童慎用。
大环内酯类药物：
阿奇霉素： 是常用的药物之一，服用相对方便，一般单次顿服有一定疗效，但也要注意可能存在胃肠道不适等不良反应，孕妇及某些特殊人群使用需谨慎评估。红霉素： 对非淋菌性尿道炎也有一定作用，但胃肠道刺激相对较明显，儿童使用时需根据体重等情况谨慎调整剂量。
用药注意事项
遵循医嘱用药：
一定要严格按照医生的嘱咐用药，包括用药的种类、剂量和疗程等。不能自行增减药量或擅自停药，否则可能影响治疗效果，还可能导致病原体产生耐药性。比如，疗程一般需要持续7~10天左右，不能吃几天药感觉症状缓解就马上停药。
性伴侣同时治疗：
非淋菌性尿道炎具有传染性，在治疗期间，患者的性伴侣也需要同时进行检查和治疗，以免发生重复感染，影响治疗效果。即使性伴侣没有症状，也可能携带病原体，所以必须一起治疗。
注意药物不良反应：
不同药物可能有不同的不良反应。比如四环素类药物可能引起胃肠道不适，像恶心、呕吐等症状；大环内酯类药物可能导致腹痛、腹泻等。如果用药过程中出现较为严重的不良反应，应及时告知医生，以便调整治疗方案。
特殊人群用药特点
孕妇患者：
孕妇患非淋菌性尿道炎时用药需格外谨慎。一些药物可能会对胎儿产生影响，比如四环素类药物可能导致胎儿牙齿黄染、骨骼发育异常等，所以孕妇通常需要选择相对安全的药物，如某些大环内酯类药物，但具体用药也需要医生根据孕妇的具体情况综合判断。
儿童患者：
儿童患非淋菌性尿道炎时，用药要严格遵循儿童用药的原则。很多成人用的药物不适合儿童使用，因为儿童的肝肾功能等还未发育完全，药物代谢能力与成人不同。比如8岁以下儿童一般不建议使用四环素类药物，需要选择儿童适用的、安全性较高的药物来进行治疗。