毛囊炎通常可以使用抗生素类药物来治疗，一般局部外用药物就有一定效果，比如2%莫匹罗星软膏，涂抹后能抑制细菌生长，减轻炎症，大概连续使用几天到一周左右可能会看到改善。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 这是常用的外用抗生素，适用于革兰阳性球菌引起的毛囊炎。它能阻碍细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌作用。一般直接涂抹在患处，一天涂抹几次，具体次数遵医嘱。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌有较好的抗菌活性。可抑制细菌的蛋白质合成，从而起到杀菌消炎的作用。使用时取适量均匀涂抹于患处。
系统用抗生素类药物
头孢类抗生素： 如果毛囊炎比较严重，或者外用药物效果不佳时，可能会用到口服头孢类抗生素，如头孢呋辛等。头孢类药物通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥杀菌作用，但使用前需要确认患者没有头孢类药物过敏史。青霉素类抗生素： 像阿莫西林等青霉素类药物也可用于治疗毛囊炎。不过使用前要做青霉素皮试，避免过敏反应。它能破坏细菌的细胞壁，使细菌失去保护而死亡。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果是真菌引起的毛囊炎，就需要用抗真菌药物。酮康唑能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢。涂抹在患处，坚持使用一段时间。伊曲康唑胶囊： 对于较严重的真菌性毛囊炎，可能会口服伊曲康唑胶囊。它可以作用于真菌细胞色素P450，影响真菌麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用，但肝功能不全者等要慎用。