吞咽困难的治疗需根据不同病因采取相应措施。一般来说，对于因咽喉部炎症导致的吞咽困难，可通过药物缓解炎症来改善症状。比如因急性咽炎引起的吞咽困难，可在医生指导下使用一些清喉利咽的药物，通常经过1 - 2周的规范治疗，症状多能得到缓解。
针对病因治疗
口腔疾病导致的吞咽困难： 如果是口腔溃疡引起的吞咽困难，要保持口腔清洁，可用淡盐水漱口，一般口腔溃疡7 - 10天可自愈，吞咽困难也会随之改善。若是假牙不合适导致的吞咽困难，需调整或重新制作假牙，使佩戴舒适后，吞咽困难能得到解决。食管疾病导致的吞咽困难： 对于食管炎引起的吞咽困难，可使用质子泵抑制剂，如奥美拉唑等药物，抑制胃酸分泌，减轻食管黏膜炎症，通常用药1 - 2周后，吞咽困难会有明显好转。而食管肿瘤导致的吞咽困难，则需要根据肿瘤的性质、分期等情况，采取手术、放疗、化疗等综合治疗手段，早期肿瘤经过规范治疗，部分患者吞咽困难可得到改善。
康复训练辅助
吞咽功能康复训练： 对于脑卒中后出现吞咽困难的患者，早期就可进行吞咽功能康复训练。包括口腔感觉刺激，用棉签轻触患者腭弓、舌部等，刺激吞咽反射；还有吞咽姿势训练，让患者取端坐位，头稍向前倾，进行空吞咽和吞咽口水等动作训练，一般经过数周的康复训练，吞咽功能可逐渐恢复。吞咽障碍的摄食训练： 对于吞咽困难患者进行摄食训练时，要选择合适的食物，比如将食物调成糊状，厚度以患者能顺利吞咽为宜。进食时要让患者保持坐位或半卧位，速度要慢，每次进食量不宜过多，一般每次10 - 20毫升，让患者有充分时间吞咽，避免呛咳。
手术治疗情况
咽喉部肿物手术： 如果是咽喉部良性肿物，如乳头状瘤等导致的吞咽困难，可通过手术切除肿物，术后吞咽困难大多能消失。而对于咽喉部恶性肿瘤导致的吞咽困难，根据肿瘤情况选择合适的手术方式，如部分喉切除术或全喉切除术等，术后可能需要结合放疗、化疗等进一步治疗，吞咽困难会在术后逐步改善，但恢复时间因人而异。