吞咽困难的治疗需根据病因来定。一般来说，对于因脑卒中导致吞咽困难的患者，发病后1周内就可开始进行吞咽功能评估与干预。
针对病因治疗
神经系统疾病导致： 如果是脑卒中引起的吞咽困难，需要积极治疗原发病，比如改善脑循环等。若是帕金森病导致，要针对帕金森病进行药物等相关治疗来缓解吞咽困难症状。头颈部肿瘤导致： 头颈部肿瘤引起的吞咽困难，可能需要根据肿瘤的情况采取手术、放疗、化疗等治疗手段。比如早期肿瘤可通过手术切除，术后再配合康复训练改善吞咽功能。
康复训练改善
吞咽肌群训练： 可以进行口唇运动训练，比如让患者练习鼓腮、吹口哨等动作，每次练习5 - 10分钟，每天3 - 4次。还能进行舌部运动训练，像让患者伸出舌头，左右摆动，上下舔嘴唇等，每次训练10分钟左右，每天2 - 3次。吞咽姿势调整： 仰卧位头前屈吞咽，患者取仰卧位，头部前屈30度左右进行吞咽，这样可以利用重力作用帮助食物进入食管。侧卧位吞咽，向健侧侧卧30度吞咽，适用于单侧咽部感觉减退的患者。
营养支持方式
鼻饲管营养： 如果短期无法通过口腔正常进食，可放置鼻饲管，通过鼻饲管注入营养物质，保证患者的营养摄入。一般鼻饲的营养液要选择适合的，温度保持在38 - 40℃左右，每次注入量200 - 300毫升，间隔2 - 3小时一次。经皮内镜下胃造瘘（PEG）： 对于长期需要营养支持且不适合鼻饲的患者，可以考虑PEG。这是一种通过内镜引导放置胃造瘘管的方法，能长期为患者提供营养，减少鼻饲带来的一些不适和并发症。