扁桃体肥大的治疗需根据具体情况而定。一般来说，对于轻度的扁桃体肥大，若没有明显症状，可能暂时无需特殊治疗，但要密切观察。而中重度扁桃体肥大且伴有相关症状时，治疗方法主要有以下几类。
一般治疗方面
观察等待： 对于一些年龄较小的儿童，扁桃体可能会随着年龄增长逐渐萎缩。如果扁桃体肥大程度较轻，孩子没有出现呼吸不畅、睡眠打鼾等明显不适症状，可先采取观察等待的方式，定期带孩子到医院检查，关注扁桃体的变化情况。通常建议每3 - 6个月复查一次，观察扁桃体大小、孩子的症状等有无变化。改善生活习惯： 让孩子注意休息，保证充足的睡眠，饮食上要营养均衡，多吃富含维生素的蔬菜水果，如苹果、橙子、菠菜等，同时要让孩子多喝水，保持口腔清洁，减少上呼吸道感染的发生频率，因为反复的上呼吸道感染可能会加重扁桃体肥大。
药物治疗方面
抗感染治疗： 如果扁桃体肥大是由细菌感染引起的，如链球菌感染等，可使用抗生素进行治疗。常用的抗生素有青霉素类，如阿莫西林等，但要注意孩子是否对青霉素过敏。如果对青霉素过敏，可选用头孢类抗生素等。一般需要使用抗生素治疗7 - 10天左右，具体用药时间需根据孩子的病情恢复情况由医生决定。局部用药： 可以使用一些局部的喷雾剂或含漱液来缓解症状。例如，一些具有消炎、消肿作用的含漱液，如复方硼砂含漱液等，每天可以让孩子进行多次含漱，帮助减轻扁桃体的炎症和肿胀，但局部用药一般只是辅助治疗。
手术治疗方面
手术指征： 当扁桃体肥大导致孩子出现严重的呼吸不畅，夜间睡眠时频繁打鼾、呼吸暂停，影响孩子的生长发育；或者扁桃体肥大反复引起化脓性扁桃体炎，一年发作次数在7 - 8次及以上，经过保守治疗效果不佳时，就需要考虑手术治疗。一般建议孩子年龄在4岁以上，身体状况能够耐受手术时进行扁桃体切除术。手术方式： 目前常用的手术方式是扁桃体剥离术或扁桃体等离子切除术等。扁桃体等离子切除术相对来说创伤较小，术后恢复较快。手术后孩子需要住院观察1 - 2天，术后要注意饮食，刚开始要吃温凉的流质或半流质食物，如牛奶、粥等，避免吃辛辣、刺激性食物，防止刺激手术创面，影响恢复。