眼肌麻痹的治疗需根据不同病因采取相应措施。一般来说，针对不同情况有不同的处理方式。
病因不同治疗有别
如果是颅内动脉瘤压迫导致的眼肌麻痹，可能需要通过手术等方式处理动脉瘤来缓解症状。若是糖尿病性眼肌麻痹，控制血糖是关键，通常需要将血糖控制在合理范围，一般需数月时间使血糖稳定在正常或接近正常水平，从而利于眼肌麻痹的恢复。
炎症性眼肌麻痹的治疗
如果是感染引起的眼肌麻痹，比如病毒感染导致的，可能会使用抗病毒药物。像带状疱疹病毒引起的眼肌麻痹，可能会用到阿昔洛韦等抗病毒药物来抑制病毒复制，减轻炎症对眼肌的损害。而自身免疫性炎症导致的眼肌麻痹，可能会使用糖皮质激素等免疫调节药物。例如，对于重症肌无力相关的眼肌麻痹，可能会短期使用较大剂量的糖皮质激素来抑制免疫反应，但需在医生严密监测下使用。
外伤性眼肌麻痹的治疗
对于外伤性眼肌麻痹，轻度的可能通过休息、营养神经药物来促进恢复。营养神经的药物如维生素B12等，一般需要持续使用数周甚至数月，观察眼肌功能恢复情况。而严重的外伤性眼肌麻痹可能需要手术修复受损的眼外肌等结构来改善眼肌运动功能。
先天性眼肌麻痹的治疗
先天性眼肌麻痹多需要通过手术矫正。手术时机的选择一般在患儿能够配合手术且眼肌情况相对稳定后进行，通常建议在儿童3 - 6岁左右评估后考虑手术，通过手术调整眼外肌的附着点等，改善眼位和眼球运动功能，提高患儿的外观和视功能。