胎儿脑子里有囊肿一般由以下原因导致：
一、如果孕妇在怀孕早期接触有毒、有害的物质，可能会引起胎儿脑子里有囊肿，同时还可能引发流产、胚胎停止发育等状况。这种情况多发生在怀孕三个月内，因为此阶段是胎儿生长发育的关键时期。
1.怀孕早期接触不良物质的影响：怀孕早期，外界不良因素可能干扰胎儿正常的发育过程。
(1)对胎儿脑部的危害：可能导致脑部结构异常，形成囊肿。
(2)其他不良后果：比如导致流产，使胚胎停止发育等。
二、在胚胎形成时期，胎儿脑部的脉络丛中毛细血管发生血管瘤样改变，包裹一部分脑脊液，从而形成脉络丛囊肿。
1.脉络丛囊肿的形成机制：是由于脑部特定部位的血管异常变化。
2.对这种情况的看法：通常不必过于担忧，一般会随时间推移自行消失。
当胎儿出现脑子里有囊肿时，需依据具体严重程度选择对症处理方式。若在怀孕期间通过彩超检查发现胎儿有头部囊肿，可根据具体情况进行处理。如果囊肿小于一厘米以下，可以先暂不处理，定期复查即可。但如果囊肿明显增大，则需要进一步做羊水穿刺以确诊囊肿性质，若出现染色体异常，需及时进行引产手术，否则会对以后胎儿的生长发育产生不利影响。
总之，胎儿脑子里有囊肿的原因多样，处理方法需根据具体情况而定，要密切关注和妥善处理。