脑干梗塞是一种较为严重的脑血管疾病，治疗需及时。一般来说，发病后6小时内是溶栓治疗的黄金时间窗，若能及时干预，预后相对较好。
急性期治疗
溶栓治疗： 发病在6小时内且符合溶栓指征的患者，可考虑使用阿替普酶等溶栓药物，通过溶解血栓来恢复脑部血流，但有一定出血风险。抗血小板聚集治疗： 常用药物如阿司匹林，可抑制血小板聚集，防止血栓进一步形成，降低再梗塞风险。
一般支持治疗
维持生命体征： 密切监测患者的呼吸、血压、心率等生命体征。若患者有呼吸困难，可能需要吸氧甚至机械通气来维持正常的血氧水平；对于血压异常的情况，需根据具体数值调整降压药物，将血压控制在合适范围，一般要求收缩压不低于90mmHg，同时也不能过高。控制脑水肿： 脑干梗塞后往往会出现脑水肿，可使用甘露醇等脱水剂来降低颅内压，减轻脑水肿对脑干的压迫。通常成人每次可静脉滴注20%甘露醇125 - 250毫升，每6 - 8小时一次，但要注意监测肾功能和电解质。
康复治疗
早期康复介入： 在病情稳定后，一般发病24 - 48小时后，若患者生命体征平稳，就可开始早期康复治疗。康复治疗包括肢体的被动运动，由医护人员或家属帮助患者活动瘫痪的肢体，防止肌肉萎缩和关节僵硬，每天可进行2 - 3次，每次15 - 20分钟。语言康复训练： 如果患者存在语言障碍，需要进行语言康复训练。比如从简单的发音开始，让患者练习说单字、词语，逐步过渡到语句表达，每天训练1 - 2次，每次20分钟左右，根据患者恢复情况逐渐增加训练强度。
并发症防治
肺部感染防治： 脑干梗塞患者由于长期卧床，容易发生肺部感染。要定期为患者翻身、拍背，促进痰液排出，每天至少2 - 3次。如果患者有咳痰困难，可使用吸痰器及时吸痰。同时，要注意保持病房空气流通，维持合适的温度和湿度。深静脉血栓防治： 因为患者活动减少，下肢容易形成深静脉血栓。可以为患者穿弹力袜，促进下肢血液回流，也可进行下肢的被动运动，如屈伸踝关节等，每天多次进行。一旦发现患者下肢肿胀、疼痛等深静脉血栓疑似症状，需及时进行相关检查和处理。