脑干梗塞的治疗需要综合多方面措施，一般发病后6小时内可考虑溶栓治疗，如使用阿替普酶等溶栓药物，但有严格的适用时间窗和禁忌证。
急性期治疗
药物治疗方面： 常用的有改善脑循环的药物，像丁苯酞软胶囊，能改善脑缺血区的微循环和血流量。还有抗血小板聚集药物，如阿司匹林，可抑制血小板的聚集，防止血栓进一步形成，但要注意有胃肠道出血等风险。康复治疗前期准备： 在急性期病情稳定后，就要开始进行康复评估，为后续康复训练做准备，一般发病后1 - 2周左右可根据患者情况逐步开展康复相关工作。
康复治疗
肢体功能康复： 如果患者存在肢体运动障碍，要进行被动肢体运动训练，每天至少2 - 3次，每次每个肢体运动5 - 10分钟，逐步过渡到主动运动训练，比如让患者练习坐起、站立、行走等，可借助康复器械辅助。语言功能康复： 对于有语言障碍的患者，要进行语言康复训练，包括发音训练、简单语句理解和表达训练等，每天训练时间不少于30分钟，根据患者恢复情况逐步增加训练强度。
并发症预防与处理
肺部感染预防： 要定时给患者翻身、拍背，促进痰液排出，一般2小时左右翻身一次，每天拍背4 - 6次。如果患者出现肺部感染，要根据痰培养结果选用合适的抗生素，如头孢类抗生素等。压疮预防： 要保持患者皮肤清洁干燥，定期更换体位，使用气垫床等，每隔1 - 2小时更换一次体位，保持皮肤完整，避免压疮形成。一旦出现压疮，要根据压疮分期进行相应处理，如Ⅰ期压疮可加强局部护理，使用减压贴等。