杭州并没有明确哪家男性科医院是最好的，不过有几家通常都很不错，比如浙江大学医学院附属第二医院、浙江省肿瘤医院、浙江大学医学院附属邵逸夫医院。
一、浙江大学医学院附属第二医院：
其男科的特色在于内窥镜手术技术的应用，配备了诸如电子膀胱镜、经皮肾镜、纤维输尿管软镜、电子输尿管软镜、输尿管肾镜、等离子电切镜、泌尿外科检查床等处于国际最先进水平的内腔镜手术设备，在国内处于前列地位。
二、浙江省肿瘤医院：
1.浙江省肿瘤医院的泌尿外科成立于2012年。
2.目前开放病床60张，医护人员有26人，其中包括2名主任医师、3名副主任医师，有3人拥有博士学位，还有2人在读博士研究生以及4人拥有硕士学位。
3.科室专注于泌尿男生殖系肿瘤的诊治，涵盖肾脏、输尿管、膀胱、肾上腺、前列腺、阴茎、睾丸、阴囊皮肤、腹膜后及盆腔等部位的良、恶性肿瘤。
三、浙江大学医学院附属邵逸夫医院：
1.邵逸夫医院的泌尿外科自1994年创建以来，发展非常迅速，其综合实力在省内名列前茅，所开展手术的数量与质量都处于国内前列。
2.科室目前共有医师42名，其中高级职称有17人，博士研究生学历有23人，硕士研究生学历有19人，有1名博士研究生导师和7名硕士研究生导师。
在日常生活中，患者可以根据自己的实际情况来选择合适的医院。