杭州不存在明确的最佳男性生殖科医院，不过有几家通常都很不错，比如浙江大学医学院附属第一医院、浙江中医药大学附属第二医院、浙江省立同德医院。
一、浙江大学医学院附属第一医院：其生殖科属于全国规模较大的泌尿外科中心之一。具有以下特点，1.拥有5个病区共172张床位，规模较大；2.技术能力强大，医疗设备先进，配备有微创经皮肾镜、腹腔镜、经尿道电切镜、输尿管镜、钬激光、气压弹道碎石装置等多种先进设备。
二、浙江中医药大学附属第二医院：该医院生殖中心由一批具备丰富临床经验且拥有主治医师以上职称的医务人员构成。他们在以下方面较为擅长，1.熟悉生殖中心各类疾病的诊治，包括常见病、多发病以及疑难病；2.在治疗弱精症、畸形精子症、少精子症、无精子症、不动精子症、流产、胎停、不孕症、人工授精、试管婴儿等方面优势明显。
三、浙江省立同德医院：浙江省立同德医院生殖科的特色如下，1.擅长运用中西医结合的方法诊治多种泌尿系统疾病，如前列腺疾病、泌尿系结石、泌尿系肿瘤、慢性肾功能不全、性功能障碍和男性不育等；2.是一个以中西医结合治疗泌尿男性生殖系统疾病和开展微创泌尿外科手术为特色的临床专科。
在实际生活中，患者可以根据自身需求自行选择合适的医院。