软骨肉瘤最好的治疗通常是手术切除，早期诊断的软骨肉瘤通过完整切除肿瘤，5年生存率可达70%~80%左右。
手术治疗是关键
根治性手术：对于局限性的软骨肉瘤，根治性手术是首选。通过彻底切除肿瘤组织，包括周围部分正常组织，以降低复发风险。例如，肢体部位的软骨肉瘤，可能需要根据肿瘤的范围切除相应的肢体段，但现在也有保肢手术的技术，在彻底切除肿瘤的前提下尽量保留肢体功能。姑息性手术：如果肿瘤发现时已经处于晚期，无法进行根治性手术，可考虑姑息性手术，如缓解疼痛、解除肿瘤对重要结构压迫等，改善患者的生活质量。
放疗的辅助作用
术前放疗：对于一些较大的、切除难度较高的软骨肉瘤，术前放疗可以缩小肿瘤体积，使原本不能手术切除的肿瘤变得能够手术切除，提高手术切除率。一般会根据肿瘤的大小和位置等因素，给予合适剂量的术前放疗，剂量通常在40~60Gy左右。术后放疗：如果手术切除不彻底，或者肿瘤有高危复发因素，术后需要进行放疗来杀灭残留的肿瘤细胞，降低局部复发率。
化疗的应用情况
新辅助化疗：对于高级别软骨肉瘤，可采用新辅助化疗，即在手术前给予化疗药物，这样可以使肿瘤缩小，杀灭潜在的转移细胞，还能为手术提供更好的条件。常用的化疗药物有阿霉素等，但化疗在软骨肉瘤中的应用不如在骨肉瘤中那么广泛，一般用于高级别软骨肉瘤的综合治疗。辅助化疗：术后根据病情需要，对于高级别软骨肉瘤也可能进行辅助化疗，进一步控制肿瘤的发展，但软骨肉瘤对化疗的敏感性相对较低。
靶向治疗与免疫治疗进展
靶向治疗：目前针对软骨肉瘤的靶向治疗药物正在研究中，一些针对特定分子靶点的药物可能会成为未来治疗的方向，但目前还没有广泛应用于临床。例如针对某些信号通路相关靶点的药物正在进行临床试验。免疫治疗：免疫治疗在软骨肉瘤中的应用也在探索阶段，通过激活患者自身的免疫系统来攻击肿瘤细胞，但目前效果还不确切，仍处于研究和临床试验阶段。