肾结石的形成是多种因素共同作用的结果。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超出了尿液的溶解能力，就容易形成结晶，进而发展为肾结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多时，就增加了肾结石形成的风险。
代谢异常导致
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多，超过了尿液的稀释能力，就可能形成含钙的肾结石。正常情况下，人体每天尿钙排泄量在一定范围内，如果因为某些原因导致尿钙排出过多，像原发性甲状旁腺功能亢进患者，甲状旁腺激素分泌过多，会使骨钙大量释放，进而导致尿钙增高，增加肾结石风险。尿酸代谢紊乱： 体内尿酸生成过多或排泄减少，会使尿酸浓度升高，形成尿酸结石。比如，一些患有痛风的患者，由于嘌呤代谢紊乱，尿酸生成增加，如果同时喝水少，尿液浓缩，就容易形成尿酸结石。
局部因素影响
尿路梗阻： 尿路梗阻会导致尿液引流不畅，尿液中的晶体和有机物质就容易在局部积聚，从而形成结石。比如，先天性肾盂输尿管连接部狭窄的患者，尿液从肾脏排出受阻，长时间尿液滞留，就为结石的形成创造了条件。尿路感染： 尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体附着沉积，进而形成结石。例如，变形杆菌感染时，细菌产生的尿素酶会分解尿液中的尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵和磷酸钙等沉积形成结石。
生活方式相关因素
饮水不足： 每天饮水量少于1500毫升时，尿液会浓缩，尿液中晶体物质的浓度相对升高，容易形成结石。比如，一些人平时不爱喝水，尤其是在高温环境下工作或运动量大出汗多的时候，如果没有及时补充水分，就容易引发肾结石。饮食不当： 高草酸饮食会增加肾结石风险，像菠菜、甜菜、巧克力、坚果等食物中草酸含量较高，长期大量食用，会使尿草酸排泄增加。高嘌呤饮食也会促进尿酸结石形成，动物内脏、海鲜、肉类等高嘌呤食物摄入过多，会使尿酸生成增多。另外，高盐饮食会促使尿钙排泄增加，进而增加肾结石的发生几率。