肾结石的形成与多种因素有关，比如尿液中某些物质浓度过高，导致结晶析出。一般来说，肾结石的形成是多种因素共同作用的结果。
一、代谢异常方面
1. 尿液中钙含量过高
人体正常代谢时，如果尿液中钙的浓度持续偏高，就容易形成钙盐结晶。例如，一些人由于甲状旁腺功能亢进，会使血钙升高，进而导致尿钙排出增多，增加了肾结石形成的风险。据统计，约有60%的肾结石患者存在尿液钙排泄增加的情况。
2. 尿液中尿酸过高
当体内嘌呤代谢紊乱时，会使尿酸生成过多，或者肾脏排泄尿酸减少，都会导致尿液中尿酸浓度升高。长期尿酸过高，尿酸就会在肾脏等部位沉积，形成尿酸结石。有研究发现，痛风患者发生肾结石的概率比正常人高很多，就是因为痛风患者体内尿酸水平普遍较高。
二、局部因素方面
1. 尿路梗阻
如果存在尿路狭窄、前列腺增生等情况，会导致尿液排出不畅。尿液在尿路中滞留，其中的结晶物质就更容易沉积下来，逐渐形成结石。比如，先天性输尿管狭窄的患者，就比尿路通畅的人更易患上肾结石。
2. 尿路感染
泌尿系统发生感染时，细菌、坏死组织等会作为核心，促使晶体附着沉积，从而形成结石。例如，变形杆菌感染时，细菌产生的尿素酶会分解尿液中的尿素，使尿液碱化，有利于磷酸镁铵等结石的形成。
三、饮食与生活习惯方面
1. 饮水过少
每天饮水量不足，会使尿液浓缩，尿液中各种溶质的浓度相对升高，容易形成结晶。一般建议每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，若喝水少，就会增加肾结石的发病几率。
2. 高草酸食物摄入过多
像菠菜、巧克力、坚果等食物中草酸含量较高，如果长期大量食用，会使尿液中草酸浓度升高。当草酸与钙结合时，就容易形成草酸钙结石。例如，经常大量吃菠菜的人，患草酸钙肾结石的风险会明显增加。