引起肌肉萎缩的原因有多种。一般来说，神经源性因素是常见原因之一，像运动神经元病，它会逐渐破坏支配肌肉的神经细胞，导致肌肉无法得到有效的神经信号传导，进而慢慢萎缩，这种疾病多见于中老年人。另外，废用性肌肉萎缩也较为常见，比如骨折后长时间固定，肢体不能正常活动，肌肉长期不用就会发生萎缩，通常固定1个月左右就可能出现明显的肌肉萎缩迹象。还有肌源性因素，像一些遗传性的肌营养不良症，会影响肌肉本身的结构和功能，导致肌肉逐渐萎缩，这种疾病可能在儿童时期就会显现症状。
神经源性肌肉萎缩：
神经系统疾病影响：像脊髓损伤就会引发神经源性肌肉萎缩，当脊髓受到外伤或病变破坏后，传导到肌肉的神经信号受阻，肌肉缺乏刺激就会慢慢萎缩。例如因车祸导致脊髓损伤的患者，受伤平面以下的肌肉很容易出现萎缩情况。运动神经元病作用：运动神经元病是逐渐破坏脊髓前角细胞等运动神经元，使得肌肉失去神经支配而萎缩，这种病发病年龄多在40 - 60岁之间，且病情会缓慢进展。
废用性肌肉萎缩：
长期固定导致：骨折后采用石膏等固定方式，患肢不能正常活动，一般固定2 - 3周后就可能观察到肌肉有轻度萎缩迹象，随着固定时间延长，萎缩会逐渐加重。比如手臂骨折固定1个月，肌肉体积会明显减小。制动情况影响：长期卧床的患者，由于身体大部分时间处于静止状态，肌肉得不到有效的运动刺激，也会发生废用性肌肉萎缩，一般卧床2周左右就会出现肌肉力量下降和萎缩表现。
肌源性肌肉萎缩：
遗传性肌营养不良症：这是一类遗传性疾病，像杜氏肌营养不良症，多在儿童期发病，男孩较为常见，由于基因缺陷导致肌肉结构和功能异常，逐渐出现肌肉萎缩，患儿通常在3 - 5岁时就会表现出运动发育落后，如走路 clumsy（笨拙）、易摔倒等症状。某些肌肉疾病影响：一些炎症性肌病也会导致肌源性肌肉萎缩，比如多发性肌炎，会出现肌肉炎症、无力和萎缩，患者可能会有肌肉疼痛、乏力等表现，严重影响肌肉功能。