双肾囊肿的发病原因目前尚未完全明确，但有几种常见因素与之相关。一般来说，遗传因素是其中一个重要方面，约有20% - 30%的肾囊肿患者有家族遗传倾向，常见的如常染色体显性多囊肾病，这是一种遗传性疾病，由特定基因异常导致。
遗传因素方面
常染色体显性多囊肾病：这是最常见的与肾囊肿相关的遗传性疾病，其致病基因主要是PKD1和PKD2基因。如果家族中有此类疾病的患者，那么家族成员患双肾囊肿的风险会明显增加。通常在30 - 50岁左右可能会逐渐出现症状，但也有部分人在儿童时期就会发病。
肾小管梗阻与局部缺血因素
肾小管梗阻：肾小管出现梗阻时，尿液排出受阻，会导致肾小管局部扩张，逐渐形成囊肿。比如肾小管的某些部位发生狭窄、堵塞等情况，就可能引发这种梗阻现象。局部缺血：肾脏局部组织出现缺血情况时，也可能促使肾囊肿的形成。例如肾脏血管的病变导致局部血液供应不足，使得肾小管等组织发生变化，进而引发囊肿。像高血压患者，如果血压长期控制不佳，可能会影响肾脏局部血流，增加肾囊肿的发病风险。
年龄与其他因素
年龄因素：随着年龄的增长，双肾囊肿的发病几率也会相应增加。一般在40岁以后，肾囊肿的发生率会逐渐升高。研究发现，50岁以上的人群中，约有50%的人至少存在一个单纯性肾囊肿。其他因素：一些后天的生活方式因素也可能有一定影响，虽然不是直接致病，但会增加发病风险。比如长期不健康的饮食，高盐饮食可能会加重肾脏负担；长期吸烟也可能对肾脏血管等产生不良影响，从而间接影响肾囊肿的发生。不过这些因素相对遗传等因素来说，影响程度相对较小，但也不可忽视。