扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝内的碎屑、细菌、黏液等物质沉积钙化形成的。一般来说，扁桃体隐窝开口堵塞是关键因素，当隐窝口被堵塞后，分泌物无法正常排出，就容易逐渐形成结石。
隐窝堵塞的常见原因
慢性炎症刺激： 当扁桃体反复发生炎症时，比如患有慢性扁桃体炎，会导致隐窝口黏膜水肿，使得隐窝口变得狭窄，分泌物排出受阻。据统计，有慢性扁桃体炎病史的人群，扁桃体结石的发生率相对较高。细菌滋生： 口腔内存在大量细菌，当细菌在扁桃体隐窝内积聚，会与脱落的上皮细胞、黏液等混合在一起，形成类似泥状物的物质，时间久了就可能钙化形成结石。
口腔卫生状况不佳
清洁不彻底： 如果日常刷牙、漱口不认真，口腔内的食物残渣容易残留于扁桃体隐窝中。例如，有些人刷牙时只是简单应付，没有充分清洁到扁桃体区域，长期下来就为扁桃体结石的形成创造了条件。吸烟等不良习惯： 吸烟会刺激扁桃体隐窝，影响其正常的分泌和排泄功能，增加扁桃体结石的发生风险。长期吸烟的人，扁桃体隐窝内更容易堆积物质形成结石。
年龄因素影响
青少年及成年人： 这个年龄段的人群扁桃体隐窝相对较容易出现问题。青少年时期扁桃体还在发育阶段，加上生活中可能存在的口腔卫生问题等，容易导致隐窝堵塞。成年人由于生活节奏快，口腔卫生维护可能不够到位，也是扁桃体结石的高发人群。据相关研究，15 - 40岁年龄段的人群扁桃体结石发生率相对较高。儿童相对少见： 儿童的扁桃体隐窝相对较浅，而且儿童的口腔卫生状况相对较好，所以儿童患扁桃体结石的情况相对较少，但也不是绝对不会发生，当儿童扁桃体反复发炎且口腔卫生差时，也可能出现结石。