扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝内的分泌物、细菌、食物残渣等物质长期积累，逐渐钙化形成的。
一、隐窝结构因素
扁桃体表面有许多小隐窝，当隐窝口堵塞时，分泌物无法正常排出，就为结石形成提供了初始条件。比如长期吸烟、饮酒等不良生活方式的人群，扁桃体隐窝受刺激，更易出现堵塞情况。
二、细菌感染影响
细菌在隐窝内滋生繁殖，与分泌物等混合，促进了结石相关物质的聚集。儿童免疫系统尚不完善，相对更容易受细菌感染影响扁桃体隐窝，增加结石形成风险。
三、口腔卫生不佳
口腔卫生差会使食物残渣容易残留于扁桃体隐窝，为细菌等提供滋生环境，进而推动扁桃体结石形成。老年人由于口腔自洁能力下降，若不注意口腔卫生，扁桃体结石发生率可能相对较高。
四、慢性炎症刺激
扁桃体长期受慢性炎症刺激，会导致隐窝黏膜发生变化，使得分泌物更易潴留，加大结石形成几率。有扁桃体炎病史的人群，相比健康人群，扁桃体结石形成可能性更大。