肾结石的病因较多，其中尿液中某些物质浓度过高是常见原因之一，比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出量增加，就容易形成结石。一般来说，肾结石患者每天饮水量需达到2000~3000毫升以上，若饮水不足，尿液浓缩，就会增加结石形成风险。
代谢异常方面
尿液成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增多时，就容易形成肾结石。例如，尿钙排泄增多会使尿液中钙浓度升高，超过尿液的溶解度，就可能析出形成钙盐结石。研究发现，大约有60%的肾结石患者存在尿液钙排泄增加的情况。尿酸代谢异常：体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，会导致血尿酸升高，尿酸随尿液排出时，若尿液pH值较低，尿酸就容易形成结晶，进而发展为尿酸结石。
局部因素方面
尿路梗阻：尿路任何部位的梗阻都会导致尿液滞留，使尿液中晶体物质容易沉积形成结石。比如肾盂输尿管连接部狭窄、前列腺增生等都可能引起尿路梗阻。长期尿路梗阻还会造成肾积水，进一步加重结石的形成。尿路感染：一些细菌、病毒等病原体在尿路中繁殖时，会作为核心促使结石形成。而且感染产生的炎症物质会改变尿液的成分和酸碱度，为结石形成创造条件。比如变形杆菌能将尿素分解为氨，使尿液pH值升高，促使磷酸镁铵和磷酸钙结石形成。
其他因素方面
饮食因素：长期摄入高嘌呤、高草酸的食物易引发肾结石。像动物内脏、海鲜等属于高嘌呤食物，长期大量食用会使尿酸生成增多；菠菜、草莓等草酸含量高的食物吃多了，也会增加尿液中草酸的排泄量，增加结石风险。药物因素：某些药物也可能导致肾结石。例如，长期服用维生素C，在体内代谢后会使草酸排出增加；长期服用氨苯蝶啶，也可能引发结石。另外，一些抗生素如磺胺类药物，其代谢产物容易在尿液中形成结晶，从而增加结石形成的可能性。