肾结石的病因有多种，其中尿液中某些物质浓度过高是重要因素，比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分浓度过高，就容易形成肾结石。一般来说，肾结石患者每天饮水量需达到2000~3000毫升以上，以稀释尿液中相关物质的浓度，降低结石形成风险。
代谢异常方面
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加时，就容易形成肾结石。例如，尿钙排泄增多，超过了尿液的溶解度，就可能析出形成钙盐结石。肠道吸收钙增多： 有些人群肠道对钙的吸收会增加，导致血钙升高，进而使尿钙排出增多，增加肾结石形成几率。比如一些患有胃肠道疾病的患者，可能存在肠道对钙吸收异常的情况。
局部因素方面
尿路梗阻： 当尿路存在狭窄、畸形等情况时，会导致尿液排出不畅，尿液中的结晶物质容易在局部沉积，从而形成肾结石。像输尿管狭窄的患者，就比尿路通常的人更易长肾结石。感染因素： 尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，使尿液中的矿物质围绕其沉积形成结石。比如长期存在泌尿系统感染的患者，患肾结石的风险相对较高。
其他因素方面
饮食因素： 长期摄入高钙、高草酸、高嘌呤食物易引发肾结石。比如经常大量吃菠菜等富含草酸的食物，会使尿草酸排出增加；长期大量吃动物内脏等高嘌呤食物，会使尿酸排出增多，增加尿酸结石形成风险。药物因素： 某些药物也可能增加肾结石形成风险。例如，长期服用维生素C、皮质激素等药物，可能会影响尿液成分，导致结石形成。地理环境和气候因素： 不同地区的水质等环境因素不同，比如某些地区水质中钙含量较高，居民患肾结石的几率可能相对高一些；另外，炎热的气候会使人体出汗多，尿液浓缩，也容易形成肾结石。