卵巢囊肿的最佳治疗时间取决于囊肿的类型、大小、症状以及患者的年龄和生育需求等因素。以下是一些常见情况：
1.生理性囊肿：
滤泡囊肿和黄体囊肿是常见的生理性卵巢囊肿，通常会在月经周期中自行消失。这类囊肿一般较小，无明显症状，无需特殊治疗，可定期复查超声，观察其变化。
怀孕相关的卵巢囊肿，如黄素化囊肿，多在妊娠结束后自然消退。
2.良性肿瘤：
大多数良性卵巢囊肿生长缓慢，无明显症状。如果囊肿直径小于5厘米，且患者无不适，可以定期复查超声，每3-6个月复查一次，了解囊肿的生长情况。
如果囊肿直径大于5厘米，或在短期内迅速增大，或出现腹痛、性交痛、月经失调等症状，可能需要手术治疗。手术时间通常选择在月经干净后3-7天内进行。
3.恶性肿瘤：
卵巢恶性肿瘤一经发现，应尽快手术治疗。手术方式包括全面分期手术和肿瘤细胞减灭术等。术后可能需要化疗、放疗等辅助治疗。
4.其他情况：
卵巢子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿），可能会导致痛经、性交痛、月经失调等症状。如果囊肿较大或症状严重，可能需要手术治疗。手术时间一般选择在月经干净后3-7天内进行。
卵巢囊肿合并扭转、破裂、感染等并发症时，需要紧急手术治疗。
需要注意的是，以上治疗时间仅为一般参考，具体治疗方案应根据患者的具体情况制定。患者应在医生的指导下进行定期复查，并根据医生的建议选择合适的治疗方法。此外，定期的妇科检查对于早期发现和处理卵巢囊肿非常重要。如果发现卵巢囊肿，应及时就医，以便获得个性化的治疗建议。