肛门直肠周围脓肿的治疗主要包括非手术治疗和手术治疗。一般来说，非手术治疗适用于脓肿初期等情况，而手术治疗是主要的根治手段。
非手术治疗
抗生素治疗：
可选用对革兰阴性杆菌有效的抗生素，如头孢菌素类等。通过使用抗生素来控制感染，防止脓肿进一步扩大。一般需要根据病情严重程度来选择合适的抗生素种类和用药疗程，但具体用药需由医生根据患者实际情况判定，不能自行随意使用。
温水坐浴：
每天进行数次温水坐浴，水温一般控制在40℃左右，每次坐浴15 - 20分钟。这样可以改善局部血液循环，促进炎症的消退，缓解疼痛等不适症状。
手术治疗
脓肿切开引流术：
这是治疗肛门直肠周围脓肿的常用手术方法。在脓肿波动最明显的部位进行切开，将脓液充分引流出来。对于低位的肛门直肠周围脓肿，通常可以一次性切开引流达到根治目的。但术后需要定期换药，保持引流通畅，促进伤口愈合。
根治术：
对于肛瘘相关的肛门直肠周围脓肿，在脓肿切开引流的同时，可能需要进行根治术。比如，对于单纯性肛瘘，可采用瘘管切开术；对于复杂性肛瘘，可能会用到挂线疗法等。挂线疗法是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘，这种方法可以避免一次性切断肛管直肠环，从而防止肛门失禁。一般挂线后需要每隔2 - 3天收紧一次药线，通常10 - 14天左右瘘管会被切开。肛门直肠周围脓肿患者在治疗后要注意保持肛门局部清洁卫生，便后及时清洗肛门。同时，要避免久坐、久站，适当进行活动。饮食上要多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，避免便秘或腹泻对伤口造成刺激，影响恢复。如果是婴幼儿患肛门直肠周围脓肿，家长要更加细心护理，按照医生要求进行治疗和护理，密切观察病情变化。