怀孕39周腰疼的原因包括生理性缺钙、运动量少、子宫压迫和激素变化等。具体如下：
一、生理性缺钙：在怀孕39周时，胎儿持续生长，对钙的需求不断增加，会从母体汲取大量的钙。而如果孕妇摄入的钙量不足，就会导致自身钙质明显缺乏，进而引发腰疼状况。
1.胎儿生长需要大量钙质。
2.孕妇钙摄入量不足会导致自身缺钙。
二、运动量少：有些女性在怀孕期间，出于养胎考虑，会长时间卧床或静坐，使得运动量大幅减少，血液循环也随之减慢，这就可能出现腰疼的表现。
1.孕期因养胎而活动少。
2.运动量少会导致血液循环慢。
三、子宫压迫：怀孕39周处于孕晚期阶段，此时增大的子宫会不断压迫腰骶部，有可能造成腰肌劳损，非常容易导致腰疼现象出现。
1.孕晚期子宫增大。
2.子宫压迫腰骶部易致腰肌劳损。
四、激素变化：在孕期，孕妇所分泌的激素是为了让胎儿有足够的生长发育空间，这些激素会使骨盆位置的韧带、肌肉松弛，在这个过程中可能会引发骨骼移位，从而导致腰疼。
此外，孕妇怀孕39周腰疼还可能有其他原因，如骨质疏松症等。如果症状持续不缓解或还伴有其他不适，应及时就医，在医生指导下查明病因，并接受相应治疗，切不可自行盲目判断，以免延误病情。总之，对于怀孕39周腰疼的情况要重视并正确对待。