脑干损伤后可能会带来多方面严重后果。一般来说，脑干损伤后约有30% - 50%的患者会危及生命，即便存活也可能留下诸多后遗症。
意识障碍方面的表现
昏迷程度深且持续时间长：脑干损伤会严重影响意识维持相关的神经结构，患者往往会陷入深度昏迷，昏迷时间可能长达数周、数月甚至更久。比如一些脑干损伤严重的患者，昏迷时间能超过1个月。意识恢复困难：即使经过治疗，意识恢复也比较艰难，部分患者可能长期处于植物生存状态，表现为只有呼吸、心跳等基本生命体征，但无意识活动，对周围环境没有认知。
呼吸循环功能紊乱
呼吸节律异常：脑干中有控制呼吸的重要中枢，损伤后常见呼吸节律紊乱，如出现潮式呼吸、抽泣样呼吸等异常呼吸模式。潮式呼吸表现为呼吸由浅慢逐渐变为深快，然后再由深快转为浅慢，随之出现一段呼吸暂停，如此周而复始。循环功能受影响：会影响心血管运动中枢，导致血压波动、心率失常等情况。可能出现血压不稳定，时而升高时而降低，心率也可能变得过快或过慢，偏离正常的心率范围（60 - 100次/分钟）。
肢体运动与感觉障碍
肢体运动障碍：脑干损伤会影响运动传导通路，导致肢体运动功能出现问题。患者可能出现四肢瘫痪，表现为肢体肌肉无力，无法自主活动，严重影响肢体的运动功能。比如上肢不能抬起、下肢不能站立行走等。感觉障碍：还会伴有感觉障碍，患者可能出现身体相应部位的感觉减退或消失，对疼痛、温度等刺激的感知能力下降，影响对自身身体状况的感知。
眼部症状表现
瞳孔变化：脑干损伤常导致瞳孔大小、形状异常。可能出现瞳孔不等大，一侧瞳孔散大，对光反射消失等情况。例如一侧瞳孔直径大于3 - 5毫米（正常瞳孔直径约2 - 5毫米），且对光刺激没有反应。眼球运动障碍：眼球的运动也会受到影响，患者可能出现眼球固定、凝视障碍等，无法正常向各个方向转动眼球，影响视觉功能和对周围环境的观察。