细菌性阴炎主要是阴道内正常菌群失调引起的混合感染，其中乳杆菌减少，加德纳菌及厌氧菌等增多是常见原因。比如有研究发现，约10% - 40%的细菌性阴炎患者是由于阴道内微生物生态平衡被打破导致的。
阴道内菌群失衡方面
阴道内乳杆菌数量减少： 正常情况下，阴道内以乳杆菌为主，它能保持阴道的酸性环境，抑制其他病菌生长。当女性体内激素变化，像绝经后雌激素水平降低，或者长期使用抗生素等情况，会使乳杆菌数量大幅减少，比如有数据显示，使用广谱抗生素超过1周，就可能导致阴道内乳杆菌数量下降50%以上，从而让其他致病菌有机会大量繁殖引发细菌性阴炎。厌氧菌等增多： 当乳杆菌被抑制后，加德纳菌、动弯杆菌、类杆菌等厌氧菌会大量繁殖。这些厌氧菌会产生多种酶，破坏阴道的正常防御功能，进而引发炎症反应。
局部卫生与生活习惯方面
局部卫生不良： 不注意外阴清洁，比如长时间不更换卫生巾、内裤，就容易导致细菌滋生。例如，女性每天更换内裤的频率低于1次，就会使外阴局部细菌浓度升高，增加患细菌性阴炎的风险。过度清洗阴道： 有些女性过度用洗液冲洗阴道，会破坏阴道原有的酸碱平衡和正常菌群。正常阴道pH值在3.8 - 4.4之间，过度清洗可能使pH值改变，破坏乳杆菌的生存环境，让阴道自净能力下降，引发细菌性阴炎。
性行为方面
性行为紊乱： 有多个性伴侣的女性患细菌性阴炎的几率相对较高。因为不同性伴侣带来的病菌可能不同，容易打破阴道内的菌群平衡。研究表明，有3个及以上性伴侣的女性，患细菌性阴炎的可能性比只有1个性伴侣的女性高出约2倍。男性携带病菌： 男性如果携带一些致病菌，在性行为过程中可能会传染给女性，导致女性阴道内菌群失调引发细菌性阴炎。比如男性包皮过长，容易藏污纳垢，携带病菌，与女性发生性行为时就可能将病菌传播给女性。