长口疮的病因有多种，其中约20%-30%的复发性阿弗他溃疡与遗传因素有关，若家族中有多人常长口疮，那么个体患口疮的几率可能会增加。
一、局部创伤因素
口腔内异物摩擦： 比如牙齿有残根、残冠，或者佩戴不合适的假牙，这些都会不断摩擦口腔黏膜，从而导致口疮的发生。如果残根残冠长期存在，口疮可能会反复出现。咬伤口腔黏膜： 比如吃饭时不小心咬到舌头、颊部等部位，口腔黏膜受损后就容易引发口疮。这种情况在吃饭速度快或者注意力不集中时比较常见。
二、营养缺乏因素
维生素缺乏： 尤其是维生素B族缺乏，像维生素B2（核黄素）、维生素B6、维生素B12等缺乏时，容易长口疮。有研究表明，长期素食者相对更容易出现维生素B族缺乏进而引发口疮。微量元素缺乏： 比如锌、铁等微量元素缺乏也与长口疮有关。锌参与人体多种代谢过程，缺乏锌会影响口腔黏膜的修复，从而增加长口疮的风险。
三、免疫系统因素
免疫功能紊乱： 当人体免疫系统出现问题时，比如免疫力下降，就容易受到病原体的侵袭，进而引发口疮。像患有自身免疫性疾病的患者，或者在感冒、劳累等导致免疫力降低的时候，口疮更容易发作。免疫缺陷： 例如艾滋病患者，由于免疫系统严重受损，口腔内容易频繁出现各种感染性口疮，而且病情往往比较严重，难以治愈。
四、其他因素
精神因素： 长期精神紧张、焦虑、压力大等会影响人体的内分泌和免疫系统，从而增加长口疮的几率。比如学生考试前、工作压力大的人群，口疮的发生率可能会升高。内分泌变化： 女性在月经周期前后，体内激素水平发生变化，可能会出现口疮发作频繁的情况。还有一些女性在怀孕期间，也可能因为内分泌改变而长口疮。