长口疮的原因有多种。一般来说，免疫力下降是常见因素之一，比如当人体过度疲劳、睡眠不足时，免疫力可能会降低，此时就更容易长口疮，有研究表明约30% - 40%的口疮发作与免疫力下降相关。
一、营养缺乏因素
维生素缺乏： 缺乏维生素B2、维生素B6、维生素B12以及叶酸等，都可能引发口疮。例如，长期饮食不均衡，不爱吃蔬菜水果的人，就容易出现维生素缺乏的情况，进而增加长口疮的几率。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也和长口疮有关。当体内锌元素缺乏时，会影响细胞的正常代谢，从而容易长口疮，有数据显示约20% - 30%的口疮患者存在微量元素缺乏的情况。
二、口腔局部刺激因素
创伤性因素： 牙齿咬伤、不合适的假牙摩擦等都可能导致口疮。比如牙齿有残根、残冠，边缘比较锐利，经常摩擦口腔黏膜，就会反复刺激局部，引发口疮。而且这种创伤性口疮往往在创伤部位附近，持续时间可能相对较长。不良习惯： 经常咬唇、咬颊等不良习惯也容易长口疮。有些人不自觉地就会有咬唇、咬颊的动作，长期下来就会刺激口腔黏膜，导致口疮反复出现。
三、内分泌因素
女性生理期： 女性在生理期时，体内激素水平会发生变化，这可能会诱发口疮。一般在月经前一周左右，口疮容易发作，月经来潮后，随着激素水平逐渐恢复正常，口疮也会逐渐减轻或消失。其他内分泌紊乱： 像甲状腺功能紊乱等内分泌疾病，也可能引起口疮。当甲状腺功能出现异常时，会影响身体的代谢等多种功能，进而导致口疮的发生。