三个月宝宝大便酸臭，可能是由消化不良、积食、便秘、乳糖不耐受等原因导致。
一、消化不良：三个月宝宝的消化功能尚未完全发育成熟。如果父母喂养方式不当，就可能引发消化不良。此时，宝宝不仅会出现大便酸臭的情况，还可能伴有嗳气、腹痛、哭闹、食欲减退等一系列不适症状。比如在喂养次数过多或每次喂养量过大时，就容易引起这种状况。
二、积食：在日常生活中，当三个月宝宝进食的食物过多，致使体内蛋白质成分在肠胃器官中长期堆积，经过发酵后，就会出现三个月宝宝大便酸臭的现象。比如过度喂养就可能导致积食的发生。
三、便秘：当饮食不合理或者消化功能出现异常，使得食物过度堆积时，会造成三个月宝宝大便酸臭，同时还可能伴有腹胀、呕吐等不适症状。比如水分摄入过少或者肠胃功能紊乱时，就容易引起便秘。
四、乳糖不耐受：该疾病通常是因为三个月宝宝体内乳糖酶分泌过少，不能完全消化母乳而引起。这种情况下一般会出现三个月宝宝大便酸臭的现象，并且伴有腹泻、肠鸣等不适症状。比如宝宝自身乳糖酶缺乏时就会导致乳糖不耐受。
建议及时带宝宝就医进行相应检查，并严格按照医生的指导进行治疗。同时，还需要改善喂养方式，做好日常的防护工作。
总结：三个月宝宝大便酸臭可能是多种原因造成，包括消化不良、积食、便秘、乳糖不耐受等，应根据具体情况进行相应处理，包括就医治疗、改善喂养等。