三个月宝宝大便酸臭可能是正常的，也可能是由消化不良、肠道感染等原因引起的。
如果宝宝的大便酸臭，同时伴有腹胀、腹泻、呕吐等症状，可能是消化不良引起的。此外，如果宝宝吃了过多的蛋白质食物，或者肠道内的细菌分解蛋白质产生了过多的硫化物，也会导致大便酸臭。如果宝宝的大便酸臭，同时伴有发热、腹痛、脓血便等症状，可能是肠道感染引起的，如细菌性痢疾、病毒性肠炎等。这种情况下，需要及时就医，进行相关检查和治疗。
需要注意的是，如果宝宝的大便酸臭持续时间较长，或者伴有其他异常症状，建议及时就医，以便明确原因并进行相应的治疗。同时，家长应该注意宝宝的饮食卫生，避免宝宝吃过多的蛋白质食物，注意腹部保暖，避免着凉。