肾病综合症的引起原因较为复杂，主要与自身免疫、感染以及遗传等因素有关。比如，约10% - 20%的肾病综合症患者是由自身免疫紊乱导致的，自身免疫系统错误地攻击肾脏肾小球，使得肾小球的滤过功能出现异常，从而引发肾病综合症。
自身免疫因素导致
免疫复合物沉积： 当人体受到某些病原体感染后，体内会产生相应的抗体，抗体与病原体结合形成免疫复合物。这些免疫复合物如果不能被及时清除，就可能沉积在肾小球部位。例如，乙型肝炎病毒相关的肾炎，就是乙肝病毒抗原与抗体形成的免疫复合物沉积在肾小球，进而影响肾小球的正常结构和功能，引发肾病综合症。自身抗体攻击： 机体自身产生的一些抗体也可能直接攻击肾脏组织。像抗肾小球基底膜抗体，它会攻击肾小球基底膜，破坏其完整性，导致蛋白质等物质从尿液中大量流失，引发肾病综合症。
感染因素引发
细菌感染： 链球菌感染是比较常见的引发肾病综合症的细菌感染因素。比如急性链球菌感染后肾炎，如果没有得到及时有效的治疗，病情迁延不愈，就有可能发展为肾病综合症。一般在链球菌感染后1 - 3周左右，可能会出现相关肾脏病变的表现。病毒感染： 除了乙肝病毒，丙型肝炎病毒感染也与肾病综合症的发生有关。病毒感染人体后，会在体内引发一系列免疫反应，影响肾脏的正常功能，导致蛋白尿、低蛋白血症等肾病综合症的典型表现。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 部分肾病综合症具有一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有肾病综合症，那么其他家族成员患病的风险可能会增加。例如，一些遗传性肾病，如先天性肾病综合症芬兰型，就是由特定基因的突变导致的，患儿从出生后就可能出现肾病综合症的相关症状，如大量蛋白尿、低蛋白血症等。基因缺陷作用： 某些基因的缺陷会影响肾脏的正常发育和功能。比如与肾小球滤过屏障相关的基因发生突变，就可能使肾小球滤过屏障的结构和功能异常，从而引发肾病综合症。目前已经发现了一些与肾病综合症相关的特定基因位点，这些基因位点的异常可能导致个体更容易患上肾病综合症。