巨细胞病毒感染的治疗需根据具体情况而定，对于免疫功能正常的个体，部分轻度感染可能无需特殊治疗可自行恢复，但对于免疫功能低下等特定人群则需要药物干预。例如，对于免疫功能正常且无症状的巨细胞病毒感染，有时可先观察，但对于免疫缺陷患者等情况则需积极用药。
抗病毒药物治疗
更昔洛韦： 是治疗巨细胞病毒感染的常用抗病毒药物之一，它能抑制巨细胞病毒DNA的合成。对于免疫缺陷患者发生的巨细胞病毒感染，常可使用更昔洛韦进行治疗。膦甲酸钠： 也可用于巨细胞病毒感染的治疗，尤其适用于更昔洛韦耐药或不能耐受更昔洛韦的患者，它通过非竞争性抑制病毒DNA多聚酶来发挥作用。
免疫功能正常者的处理
无症状感染者： 如果是免疫功能正常的个体且没有明显症状的巨细胞病毒感染，有时可以暂时不进行特殊的抗病毒治疗，但需要密切监测病情变化，一般建议每隔一段时间（如1 - 2个月）进行相关检查，观察病毒感染的情况是否有变化。有症状但较轻者： 若免疫功能正常者出现了较轻的巨细胞病毒感染症状，如轻度发热等，在排除其他严重疾病后，可以考虑使用一些对症支持的方法，同时密切观察，部分患者症状可能会自行缓解，但仍需定期复查巨细胞病毒相关指标。
免疫功能低下者的特殊情况
器官移植受者： 器官移植后患者免疫功能低下，发生巨细胞病毒感染的风险较高。此时需要更加积极地进行抗病毒治疗，并且要根据患者的具体情况调整药物剂量等，同时要密切关注患者的排斥反应与巨细胞病毒感染之间的相互影响，加强对患者整体状况的监测。艾滋病患者： 艾滋病患者由于免疫系统严重受损，巨细胞病毒感染较为常见且病情往往较为严重。治疗上除了使用合适的抗病毒药物外，还需要同时针对艾滋病进行抗逆转录病毒治疗等综合处理，并且要注意药物之间的相互作用以及患者的机会性感染等其他并发症的防治。