扁平疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的一种病毒性皮肤病，治疗方法有多种。一般来说，治疗扁平疣可以采用药物治疗、物理治疗等方式。比如外用药物治疗是常见的方法之一。
外用药物治疗
维A酸类药物： 像维A酸乳膏就可以使用，它能调节表皮细胞的分化，对扁平疣有一定的治疗作用，但使用时要注意避免接触正常皮肤，而且可能会有局部刺激反应，如红斑、脱屑等。水杨酸： 水杨酸具有角质剥脱作用，也可用于扁平疣的治疗，不过使用时要控制好浓度和范围，以免对皮肤造成过度刺激。
物理治疗方式
冷冻治疗： 是利用低温使疣体坏死脱落。一般需要多次治疗，每次冷冻后局部会出现水疱、结痂，然后脱落。治疗后要保持局部清洁干燥，避免感染，并且冷冻部位在恢复期间可能会有色素沉着等情况。激光治疗： 利用激光的能量烧灼疣体，使其去除。激光治疗相对来说恢复较快，但也可能会留下轻微的疤痕，治疗后要注意防晒，防止色素沉着。
自体免疫疗法
皮下埋植： 通过将患者自身的疣体组织埋植到皮下，激发机体的免疫反应来清除病毒。这种方法需要专业医生操作，术后要注意观察局部有无感染等情况，一般埋植后需要一定时间来发挥免疫作用，让疣体逐渐消退。不过这种方法相对应用不是特别广泛，且有一定的个体差异。
日常注意事项
在治疗扁平疣的过程中，还要注意保持良好的生活习惯，增强自身免疫力。比如要保证充足的睡眠，一般建议成年人每天睡眠7~8小时左右。同时要注意饮食均衡，多吃蔬菜水果等富含维生素的食物。另外，扁平疣具有传染性，要避免搔抓疣体，防止自身接种传播，也不要与他人共用毛巾等个人物品，以免传染给他人。