扁桃体发炎常用的药物主要有抗生素类和对症治疗药物等。一般来说，细菌感染引起的扁桃体发炎，可选用抗生素治疗，比如青霉素类抗生素，若是对青霉素过敏，可选用头孢类等其他抗生素。
抗生素类药物
青霉素类： 如果是细菌感染导致的扁桃体发炎，青霉素是常用药物之一，它能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用。不过要注意，使用前需做青霉素皮试，阳性者不能用。头孢类抗生素： 像头孢拉定等头孢类药物也可用于扁桃体发炎的治疗，这类药物抗菌谱较广，对多种引起扁桃体发炎的细菌有抑制作用。但同样，使用前要确认患者没有头孢类药物过敏史。
对症治疗药物
解热镇痛药： 当扁桃体发炎伴有发热、咽痛较明显时，可使用解热镇痛药，如对乙酰氨基酚，它能起到退热、缓解疼痛的作用，一般成人和12岁以上儿童可以使用，但3岁以下儿童使用需谨慎，要在医生指导下。含漱液： 可以使用含漱液来辅助治疗，比如复方硼砂含漱液，用它含漱能清洁口腔、杀菌消炎，减轻扁桃体发炎引起的局部不适。使用时按照说明书正确操作，含漱后不要马上喝水。
病毒感染导致的扁桃体发炎用药
如果是病毒感染引起的扁桃体发炎，通常不需要使用抗生素，可适当使用一些清热解毒的中成药，如蓝芩口服液，它有清热解毒、利咽消肿的作用，能缓解扁桃体发炎引起的咽痛等症状，但儿童服用时要根据年龄和体重在医生指导下使用。还有蒲地蓝消炎口服液，也可用于病毒感染引起的扁桃体发炎，有抗炎消肿的功效。
特殊人群用药注意
儿童： 儿童扁桃体发炎用药需特别谨慎，抗生素的选择和剂量都要严格遵医嘱，解热镇痛药的使用也要根据儿童的年龄、体重准确计算剂量，避免用药过量对儿童身体造成不良影响。老年人： 老年人扁桃体发炎用药时要考虑其肝肾功能情况，一些药物可能对肝肾功能有影响，所以用药前最好评估肝肾功能，选择对肝肾功能影响小的药物，并且要密切观察用药后的反应。