冰糖蒜水并没有被科学证实有特定的、普遍认可的功效与作用。不过从大蒜本身来看，大蒜含有一些含硫化合物等成分，但通过制作成冰糖蒜水后，其成分的作用也并未有充分的循证医学依据表明能带来明确的医疗层面的功效。
从大蒜成分角度的探讨
大蒜中含有大蒜素等成分，大蒜素具有一定的抗菌等潜在特性，但将大蒜制成冰糖蒜水后，这些成分的含量和活性等都发生了变化，不能简单等同于大蒜本身的作用。而且目前并没有科学研究能确切证明冰糖蒜水能针对某种疾病有明确的治疗或改善作用。
从健康角度的不确定性
目前没有足够的科学证据表明冰糖蒜水对预防疾病、治疗疾病有确切的功效。比如对于常见的感冒，没有研究显示喝冰糖蒜水能有效预防或治疗感冒。对于肠胃方面，也没有科学依据证实冰糖蒜水能对肠胃功能起到特定的、良好的调节等作用。
不能替代正规医疗
如果身体出现不适等健康问题，不能依赖冰糖蒜水来解决，必须遵循正规的医疗途径。例如患有严重的疾病如心脏病、糖尿病等，需要通过专业的医学检查、诊断后进行规范的治疗，而不能把希望寄托在冰糖蒜水上。同时，对于一些感染性疾病等，更需要使用经过科学验证的药物等进行治疗，冰糖蒜水起不到替代正规医疗的作用。